Retablo Mayor.
Es el conjunto más impresionante dentro de la iglesia, cuyo principal impulsor fue Gonzalo López de Polanco. La realización de dicho retablo es atribuida a Francisco de Colonia.
Realizado en piedra, procedente de Hontoria de la Cantera, es un ejemplo de retablo poco frecuente.
Retablo de San Miguel.
Situado en la nave del evangelio, próximo a la sepultura de los Villarán (XVIII) y a la pila del bautismo, se encuentra este retablo que conserva 10 tablas hispano-flamencas ( XV. Las correspondientes a los áticos están atribuidas por Post al Maestro de las Grandes Figuras; a la izquierda Nacimiento-Anunciación y a la derecha Herodes y la matanza de los Inocentes.
Encontramos en las pinturas:
- la dote de las tres doncellas
- gratitud del padre de las doncellas
- Adeodato en la cautividad
- San Andrés, el donante y sus hijos
- Consagración episcopal de San Nicolás
- Salvación de tres reos inocentes
- San Antonio de Padua, la donante y sus hijas
El retablo pertenece a la segunda mitad del siglo XVIII con dos imágenes importantes: San Miguel y la Virgen de la Alegría.
Sepulcro de los Marqueses de Murga
En la imagen se ve la mestria de los hermanos Velez en el forjado de las rejas. La madera y la piedra son obra de Ramon Larracoechea.
Sepulcro de los Maluenda-Castro-Miranda
Sobre el arco conopial, el calvario y los blasones de los Maluenda, y, cobijados en él, tres arcosolios con los enterramientos( a la izquierda) del canónigo Pedro Maluenda, también de Alonso de Maluenda y su mujer (centro) y de Martín Rodríguez de Maluenda y su mujer (derecha. Importantes mercaderes burgaleses de siglo VX, los bultos de pizarra y alabastro están muy deteriorados, parece obra de los Colonia.
El Juicio Final.
Pintura redescubierta y restaurada en 1988 de grandes dimensiones (750x420), en ella se escenifica el Juicio Final con ángeles con trompetas, Jesús con mandorla lumínica con la tierra a sus pies y mostrando las llagas; maria con el pecho al descubierto y san Juan Bautista forman al déesis.
Los Doce Apóstoles y el arco iris, en la zona inferior tiene lugar la psicostasia (peso de las almas) a cargo de San Miguel Arcángel, provisto de báculo cruciforme, balanza y atuendo de guerrero; a su izquierda los reprobos van hacia el infierno conducidos por por pintorescos diablos, y a su derecha los bienaventurados, guiados por ángeles. En el paisaje flanqueizante se desarrolla la resurrección de los muertos.
Se piensa en una pintura de topología flamenca con caracteres hispanos realizada en el comienzo del siglo XVI
Púlpito y rejas.
El púlpito de hierro forjado, está fechado en el siglo XVI en 1531 recompuesto en 1910 añadiendo la base y el tornavoz, esta última obra corresponde a Ángel y Justo Vélez
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