La historia del templo siempre ha estado ligada a la de este barrio. Así, en la sucesión al trono de Castilla motivada por los partidarios de Isabel y de Juana la Beltraneja, y en la Guerra de la Independencia el templo sufrió graves deterioros.

La fundación de la iglesia de San Esteban fue producto de la iniciativa y esfuerzos de la barriada. Esta parroquia fue una de las más importantes de Burgos de los últimos siglos de la Edad Media y en el siglo XVI por la alta condición social de sus miembros y por el esplendor que tuvieron las artes en torno a una iglesia rica económicamente y constituida en cabeza de arciprestazgo de la Ciudad.

Recientemente ha quedado sin utilización parroquial, siendo destinado el templo a Museo diocesano.

La iglesia actual (siglo XIV) es heredera de otra anterior, probablemente románica, mencionada en la bula del Papa Alejandro III, dirigida al Obispo de Burgos en 1163, con motivo de una relación que se hace de las parroquias de Burgos.

En el año 1420 "se fase una torre de cal e de canto", como indica una autorización del obispo Pablo de Santa María. Como hemos indicado anteriormente, la
vecindad del castillo ocasionó eventuales perjuicios a la iglesia; durante el asedio de 1475-1476 en la guerra de Sucesión recibió daños que precisaron la reconstrucción del rosetón en 1479, así como la reparación de la torre y los pilares en 1485.

En los primeros decenios del siglo XVI intervienen varios maestros, como Simón de Colonia, que hace el coro alto en los años 1502-1506, o Nicolás de Vergara que trabaja en el triforio, arcos del órgano, escalera del coro, sepulcros, etc.

San Esteban es la única iglesia, entre las parroquias burgalesas, que tiene claustro, del siglo XIV.